국세청에서는 악의적인 부당 공제에는 엄정히 대응하는 한편, 선의의 납세자가 불필요한 세금 부담 없이 안심하고 연구･인력개발 활동에 전념할 수 있도록 연구･인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 지원하고 있는데요. 그렇다면, 사전심사 제도는 어떻게 이용할 수 있는지 화면으로 함께 알아보겠습니다. 국세청에서는 사전심사를 신청한 연구･인력 개발비에 대해 세법상 연구개발과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주고 있는데요. 연구·인력개발비 사전 심사를 받기 위해서는 법인세나 소득세 신고 전 가급적 빠른 시간 안에 신청해야 합니다. 연구･인력개발비 세액공제의 경우, 세법상 연구개발 활동, 공제 대상 비용 등에 해당하는지 납세자가 쉽게 판단하기 어렵고, 납세자와 과세 관청 사이 다른 의견이 존재하기도 하는데요 납세자가 세액공제 대상에 해당한다고 생각해 공제를 신청했지만, 사후관리를 통해 세액공제 대상이 아닌 것으로 확인돼 공제세액과 함께 가산세까지 추징되는 사례도 있습니다. 이에 국세청은 납세자가 불필요한 세금 부담 없이안심하고 연구･인력개발 활동에 전념할 수 있도록 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 운영하고 있습니다. 여러 가지 연구과제가 있는 경우 각각의 과제별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발 활동 해당 여부 심사만 별도 신청할 수 있습니다. 신고 기한이 경과된 이후라도, 세액공제 신청 누락분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청 가능합니다. 이렇게 사전심사를 받고자 하는 기업은 홈택스, 우편, 방문 접수를 통해 연중 언제든지 신청할 수 있는데요. 특히, 홈택스를 통해 신청하는 경우 심사 진행상황을 확인할 수 있고, 신청서류 제출 자가검증 체크리스트 제공 외에도 사전심사 결과를 공유할 세무대리인 지정 등 다양한 편의 기능을 활용할 수 있습니다. 아울러 기업이 사전심사 결과에 따라 신고하면 신고내용 확인과 감면사후관리 대상에서 제외되고, 추후 심사 결과와 다르게 과세처분 되더라도 가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있습니다. 국세청은 지난해 사전심사 결과를 법인세와 소득세 신고 등에 적시 활용할 수 있도록 우선 처리 대상을 확대하고, 심사 결과를 기업이 지정한 세무대리인에게도 통지하도록 개선해 납세 편의를 강화했는데요. 그 결과, 지난해 사전심사 신청 건수는 모두 2천 5백여 건으로 제도 시행 이후 꾸준히 증가하고 있습니다. 올해는 사전심사 우선처리 대상에 ‘밸류업 표창 중소기업’, ‘국가전략기술’ 심사 신청기업‘을 추가해 연구개발 기업의 경쟁력 강화를 지원할 예정인데요. 연구개발과 사전심사 제도에 대한 이해를 돕기 위해 연구개발 수행기업을 대상으로 온라인설명회를 비롯해 납세자 세법교실 등의 교육도 확대할 계획입니다. 한편, 국세청은 제도를 악용한 조세회피 행위가 계속해 발생함에 따라 부당공제를 방지하기 위한 사후 관리를 엄격하게 진행하고 있는데요. 보유하고 있는 연구개발 관련 각종 신고자료 등을 통해 부당공제 혐의를 정밀 분석한 결과, 2024년 860 여개 기업을 적발하고 270억 원을 추징했습니다. 특히, 23년부터 과세 사각지대에 있던 연구개발 활동을 집중 검증해 지난해에만 360 여개 기업에 대해 116억 원을 추징했는데요. 아울러, 높은 공제율이 적용되는 신성장･원천기술과 국가전략기술 세액공제 법인을 검증한 결과, 69개 기업의 과다공제세액 62억 원을 추징하고, 연구개발 활동에 대한 검증 외에도 과기부 등 관계 부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나, 연구소 인정 취소된 기업 등에 대한 자료를 검증해 178개 기업에 30억 원을 추징했습니다. 이 밖에도 국세청은 연구개발 등을 목적으로 지출한 연구개발 출연금을 과다공제 받은 48개 기업에 대해 15억 원을 추징했습니다. 국세청은 앞으로도 악의적인 부당공제에는 엄정히 대응하는 한편, 연구･인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 기업의 성실신고를 지원하고, 연구･인력개발 투자를 촉진해 기업의 대외경쟁력 강화를 도울 계획입니다. 연구･인력개발비 세액공제에 대한 기업의 판단을 돕고 가산세 부담을 완화해 기업의 연구･인력개발 활동을 지원하는 연구･인력개발비 세액공제 사전심사 제도. 3월 법인세 신고와 5월 소득세 신고 전 가급적 빠른 시간 안에 신청하셔서 도움 받으시길 바랍니다.